A colonoscopia avalia a mucosa do reto, cólon e alguns casos o íleo.

Em cães e gatos com sinais crônicos de alterações no intestino grosso ou reto, que não responderam a tentativa terapêutica com antimicrobianos e a mudança na dieta, ou naqueles animais com doença colonica associada a hipoalbuminemia, perda de peso ou alterações sistêmicas deve ser realizada a colonoscopia.

Para realizar a colonoscopia o intestino tem que estar bem limpo, isto é, sem a presença de fezes. Para que isso seja possível é preciso que o animal passe por um preparo especial (veja preparo do paciente).